Uno degli strumenti a disposizione della politica di coesione europea è l'obiettivo della Cooperazione Territoriale Europea (CTE), elemento centrale per la costruzione di uno spazio comune europeo.
La CTE apporta un valore aggiunto sotto varie forme: contribuisce a garantire che le frontiere non diventino barriere, avvicina gli europei tra loro, favorisce la soluzione di problemi comuni, facilita la condivisione delle idee e delle buone pratiche ed incoraggia la collaborazione strategica per realizzare obiettivi comuni.
In ambito regionale la CTE è uno degli strumenti a disposizione dell'amministrazione per instaurare forme di collaborazione su scala transfrontaliera, transnazionale e interregionale.
Nella Programmazione Comunitaria 2007-2013, l´Iniziativa Interreg è stata sostituita dall´Obiettivo Cooperazione territoriale europea che si suddivide in tre tipi di Programmi: Cooperazione Transfrontaliera, Cooperazione Transnazionale e Cooperazione Interregionale.
Il territorio molisano risulta eleggibile nell'ambito dei seguenti programmi di Cooperazione territoriale: