Il servizio svolge diverse funzioni che vanno dalle autorizzazioni ambientali alla pianificazione strategica di settore nelle seguenti aree tematiche: gestione dei rifiuti, bonifica dei siti inquinati,inquinamento atmosferico ed acustico, tutela delle acque e dei corpi idrici,radiazioni ionizzanti e non ionizzanti, monitoraggio della qualità ambientale e salvaguardia del territorio, implementazione di progetti e interventi per la difesa del patrimonio e delle risorse ambientali della Regione Molise.