La struttura organizzativa regionale rappresenta l'apparato amministrativo di supporto a quello istituzionale. E' costituita da sei Direzioni Generali con specifiche funzioni e competenze volte al raggiungimento degli obiettivi stabiliti dal Programma di Legislatura.

Presidenza della Giunta regionale 


Direzione Generale I 
Programmazione e coordinamento delle Politiche di Sviluppo Territoriale e Servizi informativi, Risorse Finanziarie, Strumentali.

Direzione Generale II 
Attivita' produttive, Energia, Turismo, Sport, Caccia e Pesca

Direzione Generale III 
Lavoro, Formazione professionale, Promozione e Tutela sociale, Istruzione, Politiche Agricole - Forestali e Politiche della Montagna, Pesca produttiva

Direzione Generale IV 
Politiche del Territorio, dei Trasporti, Pianificazione Urbanistica, Beni Ambientali e Politiche della Casa

Direzione Generale V 
Politiche per la Tutela della Salute ed Assistenza Socio - Sanitaria

Direzione Generale VI 
Organizzazione e Gestione delle Risorse Umane, Ambiente, Rapporto con i Molisani nel Mondo, Cultura e Rapporti con gli Enti Locali