Il peso del comparto zootecnico, all'interno del panorama agricolo regionale, è estremamente rilevante. La pratica dell'allevamento, infatti, coinvolge in Molise 14.000 aziende  situate per lo più in zone di montagna dove si concentra il maggior numero di capi bovini (73.5%), suini (49.3%), ovini (61.2%), caprini (59.2%) ed avicoli (67.4%). Le attività della Regione Molise nell'ambito di questo settore mirano a sviluppare pratiche di allevamento sempre più rispettose dell'animale, dell'ambiente e del consumatore.