Il Consiglio Regionale è organo collegiale e pertanto tutte le decisioni devono riportare la maggioranza dei voti del consesso. Le sedute si tengono nell'Aula consiliare e sono aperte al pubblico, al quale è riservata una parte della sala. Informazioni sulle leggi, i regolamenti, le attività dei Consiglieri e dell'Assemblea possono essere ottenute collegandosi al sito della RegioneMolise.
Il Consiglio è convocato e diretto dal Presidente, che lo rappresenta.
Il Presidente è coadiuvato nelle attività dall'Ufficio di Presidenza che è composto da quattro Consiglieri.
Il Consiglio è presieduto dal Presidente, il quale può essere sostituito dai vicepresidenti in caso di assenza o impedimento.